清华海峡院于2015年4月17日成立，是由厦门市人民政府、两岸清华大学共同成立的按企业方式运作的事业单位；同时也是北京清华大学继深圳、北京、河北、浙江之后与地方共建的第五个地方研究院。

        清华海峡研究院依托两岸清华大学技术、人才，充分发挥三方优势，服务于加快海峡西岸经济区和“一带一路”核心区建设，打造创新创业生态圈，积极支持福建省及厦门市快速发展，促进海峡两岸融合，推动福建自贸区的发展，努力将自身建成国际一流的科技创新、高技术产业化和人才培养基地。